Левский правильно все написал, видно ты что-то не так делал...
Ну уж если из ДОСа будешь делать - достаточно ФДиском все убить, Форматом не пользуйся - потеряешь кучу времени, а Виндам это нафиг не надо.
ЗЫ: Кстати проверь на дискете наличие нужных программ - ФДиска и Формата там может и не быть, тогда их нужно будет туда скопировать.