вариантов масса. у каждого свои. у меня было сломано крепление на задней фаре. изза этого заливалось. а со стороны особо и не видно что фара не плотно прилегала.
пока не залез в багажник и не попросил лить воду из бутылки на кузов, в районе этого места - не мог определить откуда льецца. а изнутри-то сразу увидел как из фары побежало...
спереди, на ковер кстати аналогичная ситуация была. оказалось что криворукие установщики силовые провода бездарно в салон провели.

Спустя год я все таки нашел дырку через которую вода попадала в правое корытце багажника. Была она в сварном шве рядом с правым болтом крепления бампера, прямо в водостоке вокруг проема багажника. Через отверстие для болта крепления багажника тоже подтекало. Залил все герметиком, посмотрю будет ли еще течь.

Если машина не битая то огромная вероятность это фонари (я снял их, промазал уплотнитель герметиком казанским и приклеил, перед этим места стыка обезжирил) и клапан вентиляции (у меня был сломан, выбил его, достал и заклеил скотчем армированным дыру, очень герметично, потому как лень снимать бампер пока) Все, воды не стало. Обнаружил поливая на бампер воду, смотрел в нишу.