21099 выпуска 2003г. Прилагаются 3 ключа - 2 черных и один красный. Внутри пластиковой головки ключа зажигания есть место (даже типа микролифт какой то) для трансподера. Могу ли я вытащить транспондер из черного ключа (висюльки) и поместить его в ключ зажигания. Как это повлияет на работу АПС 4

Да. Можно.
На работу это повлияет так, что подносить к антенне придется не брелок, а головку ключа.

Виталий